La población indígena tanto por su número como por su organización social y productiva tiene un peso social, político y cultural determinante en el Estado de Michoacán; sus culturas cuya diversidad se funda en la existencia de los pueblos p’urhepecha, nahua, mazahua, otomí y matlaltzinca entre otros, se caracterizan por la contradicción de estar asentados en zonas con importantes recursos naturales y sufrir pese a ello, altos grados de marginación y pobreza.

Para establecer un claro marco de prioridad de atención a estos segmentos de la población michoacana, el Gobierno del Estado convocó a la Primera Reunión de Representantes de Bienes Comunales, Comisariados Ejidales, Jefes de Tenencia y Encargados del Orden de las Comunidades Indígenas del Estado de Michoacán, realizada el 7 de agosto de 2002 en Pátzcuaro.

En este contexto, el 9 de septiembre de 2002, se publicó en el Periódico Oficial del Estado el Decreto Administrativo Núm. 15, por el cual se crea la Coordinación Interinstitucional para la Atención a los Pueblos y Comunidades Indígenas del Estado de Michoacán de Ocampo, como un organismo público descentralizado de la Administración Pública Estatal, sectorizado a la Secretaría de Planeación y Desarrollo Estatal, con personalidad jurídica y patrimonio propios.

El 6 de agosto del 2004, se publicó en el Periódico Oficial del Estado, el Reglamento Interior de la Coordinación Interinstitucional para la Atención a los Pueblos y Comunidades Indígenas del Estado de Michoacán, mediante el cual se rige la estructura orgánica y el funcionamiento de las unidades administrativas que la integran.

Posteriormente con fecha 9 de enero de 2008 se publica en el periódico Oficial del Estado la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Michoacán de Ocampo donde se da el rango de Secretaría denominándosele Secretaría de los Pueblos Indígenas.

Posteriormente el 21 de Abril de 2008 se publica en el periódico Oficial del Estado el Reglamento Interior de la Administración Pública Centralizada donde se le da facultades a esta Secretaría.

Y el 8 de marzo de 2010, se publica en el periódico oficial del estado el Manual de Organización de la Secretaría de Pueblos Indígenas.

El 17 de Agosto de 2017 se crea la Comisión Estatal para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas, como un organismo público descentralizado con personalidad jurídica y patrimonio propios, con autonomía técnica, operativa y de gestión, sectorizada a la Secretaría de Desarrollo Social y Humano; la cual tendrá su domicilio legal en la ciudad de Morelia, Michoacán.